この記事では医療費控除用のデータをe-taxに入力する方法を説明します。
概要については国税庁がアップしている「医療費控除を受ける方へ」が解りやすいので、そちらを参照することをお勧めします。
この記事では申告作業の注意点に絞ってお伝えします。
保険適用の医療費
データ入力には次表の通り3つの方法があります。それぞれに注意点があります。
入力方法 | 利便性 | 注意点 |
マイナポータル連携 | 〇 | 家族分の連携には家族のマイナカードと暗証番号が必要 |
健康保険組合の医療費控除用データの利用 | △ | 年末の医療費データが欠けている場合がある |
手入力 | × | 領収書の5年保存が必要 |
マイナポータル連携の注意点
マイナポータルでは例年2月9日に申告年分の1月から12月分までの「医療費通知情報」が取得可能となります。
厚生労働省から「医療費通知情報」が配信されるとマイナポータルの画面には次のように「完了」と表示されます。

ただし、連携されるのは本人分のデータのみです。
扶養家族の医療費データを連携させるためには代理人の登録が必要になります。(2024年版では代理人登録せず、家族データ読込の都度当該家族のマイナンバーカードと暗証番号を入力して認証する方式も利用できましたが、2025年以後は代理人方式に統一されました。)
マイナポータルのメニューから代理人登録を選択してください。

確定申告をする人(自分)が妻や子供の代理人として申告作業をする場合は、「委任を受ける」を選択してください。

勤務先の健康保険組合が提供する医療費控除データ(xml)を利用する場合の注意点
勤務先の健康保険組合ではホームページ等で前年の医療費控除データをダウンロードできる場合があります。この場合データをe-taxにアップロードして医療費情報を入力することができます。(xmlとはデータ形式の種類のことです)
ただし確定申告が開始される2月の段階では、前年後半(11月・12月分等)のデータが含まれていない場合があります。データ反映のタイミングは健康保険組合毎に異なります。
組合のデータには家族分も含んでいるので便利なのですが、欠けている期間の医療費は手入力で補わなければなりません。なので、自分の所属する健康保険組合のデータ還元のタイミングを把握しておいて手入力が必要になる期間の領収書をあらかじめ準備しておくと効率的に作業を進めることができます。(少額なら無視するのもありです)
手元の領収書等を見ながら以下の画面で追加入力してください。なお手入力した分の領収証は5年間保存しておく必要がありますが、e-taxで申告する場合には税務署への提出は不要です。
また、歯の自費診療(セラミック治療等)のような保険適用外の医療費(マイナ連携にも健保組合のデータにも含まれていない)もこの画面で入力できます。


手入力
マイナ連携も健康保険組合のデータも使えない場合には、一年分の医療費をすべて手入力することもできます。前述の入力画面で入力することも可能ですが、量が多くて面倒な場合には表計算ソフト(エクセル)に入力してデータ化したうえで読み込ませることも可能です。

以上、参考にしていただければ幸いです。
個人投資家の確定申告にはこの本がお勧めです
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